Rekisteritutkimus on tutkimusta, jossa hyödynnetään yleensä muuhun tarkoitukseen kerättyjä rekisteritietoja.
Rekisteritutkimuksessa tyypillisesti yhdistetään uudella tavalla eri viranomaisten rekisteritietoja tai niitä täydennetään tutkimuksessa kerättävällä haastattelu- ja kyselyaineistoilla.
Rekisteritutkimukset vaativat huolellista suunnittelua ja niihin liittyy usein aikaa vieviä lupaprosesseja, erityisesti jos kyseessä on etuudet tai sosiaali- ja terveydenhuollon rekisterit. Henkilötietojen käyttöön tieteellisessä tutkimuksessa tarvitaan rekisteröidyn kirjallinen suostumus, rekisterinpitäjän tietolupa tai Sosiaali- ja terveysalan tietolupaviranomaisen Findatan tietolupa.
Rekisteritutkimuksen vahvuus on aineiston laajuus ja systemaattisuus. Puhtaan rekisteritutkimuksen heikkous on usein se, että rekistereistä saadaan varsin kapeaa faktatietoa ilman kokemuksellista tai toimintaympäristöä riittävästi kuvaavaa taustatietoa.